xiaomuqiu1111的头脑风暴
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2015-07-29 18:17:26 
  开了两天会,脑袋被持续轰炸,觉没睡好,皮层兴奋过度,回京后脑子一直很蒙。不断告诉自己要cool down,却仍然难以平静下来,看来必须找地方宣泄和整理一下才行。另外,需要继续改变以往的方式,尽量用文字思考。
 
首先是几个收获和感受,记下来:
第一,需要告别自己一直以来的“苦大仇深”型对待事物的方式,选择更加专业的、平静的角度。其实这个转换已经在硬件上准备好了,只需要思维开关轻轻一扭。感谢计算士童鞋,帮我扭了一小下。
第二,其实也是硬件上准备好的,这一次更加明确了这个转换,即Covert不是唯一的方向,其他方向应该不是刻意选择,而应该挑有兴趣的分别向前走一小步,然后再看哪个更适合走下去。这期间只要妥妥收集资料一点点梳理即可了,这本应当是一堆非常令人开心的事情,慢慢去做就行了。
第三,时间分配方式需要再稳定下来,这在以前比较难办到,因为手上的事情总是太紧,P问题过于重要。以后两个方向都要注意,一个是很多事情需要不在意起来,还是要扔,尽量少攒;另一个是向内的计划性和战拖还是要继续。
第四,哈,别被他们吓到,也不一定非得走他们的路。问题和目的最重要,然后才是实现方法,总是能找到的。找不到也没关系,先把问题梳理清楚也行。
 
下面几个点大致列一下,也许还会变,作为一个备忘。
1,直觉是:现实生命不能仅从简单规则涌出来,必须拖着作为基础的各层冗余。这个直觉无论真伪,要把这事讲清楚。...
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2015-01-09 11:40:56 
  由于种种自身情况的限制,我对于集智的活动并不是一个很好的参与者,却又总是念念不忘割舍不得。总是在外围画着圈子,仅仅是一个纯粹的“爱好者”、“粉丝”,却难以参与其中。总是迷茫着,找不到自己可以进入的门。近十年的时间里,一直以非常低的黏着度悬挂在这里,只能庆幸自己还在,只能庆幸还没有放弃。
 这一方面是我个人的问题,另一方面也是生物学科的问题。这个学科由于自身所处的发展阶段,刚刚也正在繁荣在还原论的细节中,还没有机会抬头看看别人走到了哪里;由于工具的缺乏,所谓的“系统生物学”更像是一个泡沫;仅有神经生物学和生物信息学在某种程度上靠了点边,而这两个学科偏偏距我还有点远,也可能因为这些并不是我最感兴趣的方面,只能羡慕果蝇小姐和何大叔已经站在圈子里了。
 李旭东曾经在一次早期活动中讲过类似的话,真正的研究者看的是经典著作和最新的文献,如果总是在看“科普”书籍和文章,那么你永远都只是一个科学的粉丝,充其量是一个很努力的民科,而无法成为一个真正的研究者。这句话对我震动很大,但是很遗憾,许多年过去了,对于复杂性的问题,我仍然一直处于这种科普型民科层次。
 作为一个天资平平且不够努力和幸运的炮灰,在科研职业生涯中,一直没有很好滴解决jake大大的“P”问题,也就是说,一直没有在解决生存问题的前提下再向前迈进一步。年纪越来越大,如果再没有什么作为,人生大概也就这样儿了。于是想,也许在垂死之前,抓住一根稻...
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2015-01-06 12:43:02 
  【注:以下正文内容来自网络,撰稿人:王谷岩。存在我电脑里好久了,丢了出处,十分抱歉。放在此处,做一备份。】

细胞重建


体内已经存在的某种物质,可以由细胞质,甚至细胞外的某种基质为基地,通过自组织、自装配过程,一步步地形成完整的细胞。
我国科学家贝时璋先生通过对南京丰年虫的研究首先提出了细胞重建学说。细胞重建的子细胞则由母细胞细胞质中的物质逐渐形成,一般先形成核,成为裸核状态,再包以细胞质、细胞膜,最后形成一个完整的重建细胞;常常会出现多核体,子细胞核与母细胞同时并存,并可在一个母细胞里同时形成很多发育阶段不同的子细胞,而且母细胞与子细胞也同时并存。
贝时璋 1903年10月生于浙江镇海县,细胞生物学家,中国科学院院士。1921年毕业于同济医工专门学校医预科,同年赴德国留学。1928年获土滨根大学自然科学博士学位并任该校动物系助教。1929年回国,历任浙江大学生物系主任、教授、理学院院长,中央研究院院士,国际胚胎学研究所研究员,荷兰国际胚胎学研究会会员。1950年调中国科学院后,历任中国科学院上海实验生物学研究所、北京实验生物研究所、生物物理研究所研究员、所长、名誉所长。曾任中国动物学会、中国生物物理学会理事长。从20年代起一直从事实验生物学的研究。1932年通过对南京丰年虫中间性生殖细胞的观察,发现了生殖细胞的解体和重新形成,即细胞重建现象。在一系列研究的基础上,提出了细胞重建学说。1988年出版了《细胞...
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2015-01-09 08:28:10 
      第一次看到全细胞模拟成功是在2014年2月期的《环球科学》杂志上,有Covert本人撰文的《模拟活细胞的一切》,文中详尽描述了其对全细胞模拟的想法起源,遇到的挑战,解决的关键问题,以及建模的思路。此外还给出了细胞模拟研究的时间线。由于版权问题,我就不把该文挂在附件上了 ,有兴趣的同学可以向我索要这篇文章的扫描版。
     以下文字是我在某个内部材料中对这项研究意义的个人分析。实际上这个研究的成功对我个人的震撼相当大的,可能有人认为我这里做出的一些评价有些夸大,我也希望多补充些背景知识,故欢迎探讨。
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    2012年斯坦福大学的Markus W. Covert小组在Cell上发表了第一个支原体全细胞水平模拟,标志着“生物学家首度用计算机模型,完整重现了一个单细胞生物体的全部生命过程,为探索生命的奥秘提供了全新的强大工具”。这一成果,在合成生物学领域可能是又前进了一小步,但是在人工生命领域,则将成为不亚于双螺旋被发现水平的跨越时代的事件。这个工作的完成,成为一系列重要领域理论更新的标志:标志着生命水平的“不可计算问题”被证伪,细胞图灵机被成功建立,同时“强人工生命”假说被证实,相应的“弱人工生命”假说被证伪。“细胞自动机”概念被刷新,虚拟数字生命时代开启。
    广义的人工生命(Artifitial life, AL)包括人工合成及改造生命体(合成生物学领域),人工智能(AI)、...
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