刚发现一个生物信息学/理论生物学/生物复杂性 的网站，貌似不错，分享于此。
 binf.wikispaces.com/Introduction
 
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　　最近刚答完辩，5个评委中只有一个给的优，其他都是良， 显然我的论文在他们眼里是没什么价值的，不过算是通过了。可是却没有发我的SCI文章，所也没有得到学位，另外也没有找到工作。
整个博士期间的日子简直是不堪回首。失眠、强迫症，一年之中搬了八个地方，总也不得安宁；摔坏膝盖做手术，卧床柱拐好几个月，现在也没能正常行走；期间换了好几个题目，当同一级的人都完成中期考核了，我却还不知道该做点什么，最后延期半年，总算完成论文和答辩。 等有功夫了，真该把这段经历写出来，也是对后来者的教训。
但一直都没有放松学习和思考，虽然是在一种极其困难的境况之下，而且效率也很低。  我博士论文的内容和目的是想要将复杂系统的理论运用到社会系统中，以解释其演化过程，并获得对未来的一些启示。 现将它上传到这里，希望对这一主题感兴趣的同学给提些建议。
 
徐光华博士论文：可持续发展的理论探索及其在内蒙古草原的应用
 
 摘要:
      人类社会的发展已经进入了一个新的阶段,伴随着前所未有的技术进步和经济繁荣的是资源短缺、环境污染、气候变化、贫富差距等一系列全球问题,
前途堪忧。作为回应,世界范围的可持续发展运动近年兴起,日益蓬勃,以求得人类文明的永续发展。然而,关于什么是可持续发展,怎样实现可持续发展
的问题尚缺乏一致的回答。这一问题的前提和关键在于深刻理解人类-自然复合系统的演化规律...

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　　热力学把系统分为三类：
1）孤立系统： 与外界既没有物质交换也没有能量交换。
2）封闭系统： 与外界有能量交换但没有物质交换。
3）开放系统： 既有能量交换，又有物质交换。
 
 我搜了一下耗散结构的形成条件，都说是需要开放系统。
我的疑问是，封闭系统不行吗？ Bernard流似乎就没有与外界发生物质交换，而它却是用来说明耗散结构的一个最常用的例子。
谢谢！
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CALResCowww.calresco.org/index.htm
内有不少文章，图片等等。
 其简要介绍：
CALResCo promotes free world-wide education about Complex SystemsWe cover ALife, Attractors, CAs, Chaos, Fractals, GAs, NNs and many related systems fieldsConcepts & findings relevant to self-organising & evolving systems are exploredOur research merges complexity theory with all aspects of science and humanityWe welcome any feedback, suggestions and corrections 值得围观，特在此推荐。
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　　DPE（Dual phase evolution）是澳大利亚莫纳什大学(Monash  University)的David Green等人提出的一个解释复杂系统演化的理论框架。这个理论来源与对生态系统演化的观察，包括：1）地质时间尺度上化石记录显示的物种进化的点断平衡，即物种数量在一个长时间内保持稳定，然后是一个大灭绝事件，并继之以一个短暂的大爆发期。2）第四纪孢粉学显示植被按物种组成可被划分为多个时期，各时期之间植被的物种组成相差很大，而它们之间的转变常常伴随着火灾。
DEP理论的主要内容如下：
1）状态空间包括两个相，一个相（exploration相）由变异作用所主导，而另一个相（exploitation相）由选择作用所主导。
2）随着两相转变的重复进行，系统所达到的复杂度逐渐增加。
3）两相之间的转变由外来干扰推动。
4）干扰过后，系统解耦为低连接度的斑块，此时使混沌可成为新奇性的来源。
5）随着时间流逝，系统的连接度变大。
6）当连接度大过阈值，不稳定的相互作用和适应度差的设计被自然选择所淘汰，剩下更复杂、稳定和有序的结构。
（见图1,图2）
 

图1.DPE中的各个过程（Green，2006）
 
 
 
图2.DEP框架（摘自Paperin et.al,2011）
DPE与自组织临界理论。与SOC不同的是，DPE没有自组织到临界态，但是外部的干扰驱使它越过某个临界值导致连接度破坏而回到连接度很低的相。（如图3）
 
DPE与适...

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　　按：这时看了计算士的贴后有感而写，本来是作为回复的，后来看有点长了，且侧重不同，不如另起一贴。
 
要说明货币的本质，我想肯定要从货币的起源说起。
原始社会的人们过着自给自足的快乐生活。所谓 “日出而作，日落而息，凿井为饮，耕田为食，帝力于我何有哉？” 不知大家怎么想，反正我羡慕这种生活。
后来就出现了社会大分工，有的人专门种田，有的人专门造房子，有的人专门做农具，有人专门牧马…… 为什么会出现分工呢？ 大家都知道的，因为分工提高了效率阿，
所以自然的就流行起来了。 你可能会说，你不想参与其中，还想过自己的小生活。可是没有可能了，就算你能抵得住更多吃穿的诱惑，又怎能挡得住强制拆迁？
伴随着分工的，就是货币的起源。
货币的本质是什么呢？我想说是社会的凝聚力。 分工带来的好处为人所知，但是这就需要交换，这是一个有风险的过程。设想你是一个做农具的人，你不怕换不回吃的穿的，把你饿死冻死？（原始社会是没有经济危机的，目前这点小小的风险也不会导致危机，但是正是这个风险后来的演变，成为后世经济危机的根源。） 但是像计算士所说那样，一次次的交换效率太低， 还不如别分工了，自己单干。货币于是就产生了，并且逐渐集中于贵金属。 这体现了人的一种信念，贵金属是一种有用的东西（做刀具、农具、器皿等等），大家都有对它的需求，所以不怕拿它换不回自己想要的东西。
充当了交换媒介后贵金属的昂...

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　　今天在网上冲浪，看到一个关于复杂系统方法的课程资料，是 德国 Unversity Potsdam 的一个叫Eckehard Olbrich 的人的，在这里共享一下，有ppt可下载。
  personal-homepages.mis.mpg.de/olbrich/complex_systems.html
 
Lecture "Complex Systems Methods"
The lecture will consist of three parts. In the first part we will dealwith the identification and analysis of statistical dependencies usinggraphical models and methodsfrom information theory. This corresponds to the paradigm that thecomplexity of asystem emerges from the interactions of subsystems. Topics will includeBayesian Networks,Granger causality, Conditional mutual information and informationtheoreticcomplexity measures.In the second part we will explore a second paradigma for complexity -criticality.Keywords are phase transitions, self-organized criticality and powerlaw distributions.In the third part we will combine both paradigms by exploring thefoundation of sloganssuch as ”Computation at the edge of chaos“, i.e. the idea that criticalstates are states ofmaximal complexity on the one hand side and that they have particularcomputationalpower or adaptability on the other hand side.
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我最近看普里高津的书《从混沌到有序》《从存在到演化》，没怎么明白他所说的不可逆性的微观来源，从网上搜了一下相关资料，发现这篇文章。似乎是一个很厉害的民科写的，不知大家怎么看待？
 
作者： 梅晓春
作者博客：blog.sina.com.cn/s/blog_4d5fc5a10100anud.html
 时间反演不可逆性问题的起源与现状
时间过程的不可逆性自古以来一直与人类的情感密切相关。面对月圆月缺，天荒地老，古今之人无不感慨万千。生老病死，是每个人生的必经之旅。然而作为一个科学问题，为何时间过程不可逆，却不是能够容易回答的。事实上这是科学史一个非常著名的难题，为了解答这个问题，一百五十多以年来几代物理学家前仆后继，付出艰苦卓绝的努力，却至今没有得到最终的答案。
取一杯清水来，滴上一滴墨水，你可以看到墨水最终会扩散到整杯水中。但你能看到杯中的墨水重新再集聚成一滴吗？或许可能，但要你千秋万代后的子孙才可能看到。更大的可能性是，你的子子孙孙永远都看不到。把一根铁棍的一头放到火里烧热后拿出，铁棍最后会变得两头一样热。你不可能看到一根棍子突然间一头变得冰冷，一头变得火热。如果这样，还有谁敢舞枪弄棍的，少林和尚得关门吃素。这是两个由大量微观粒子组成的宏观孤立系统自然演化过程不可逆的典型例子，用来描述这类现象的理论就是著名的热力学第二定律。没听说过吧，物理学家会马上告诉你，世界上任何规律都可以违背，就...

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　　1,反馈的发现是系统科学的一个起点，而后艾什比把反馈与微分方程的稳定性联系起来。正反馈对应于系统走出排斥子，负反馈则是系统进入吸引子。用微分方程来表示系统就能把握系统的一切特征，通过求解微分方程就得到系统的行为轨道。 那么当我们研究系统是如何产生出来的时候，我们常常说是自组织，但想要具体说却又说不清了。那么，我的一个疑问是微分方程是如何产生的？即数学上是否有那么一个东西通过求解产生了一个微分方程？
2,复杂系统似乎已经不是一般意义上的系统了，它是一个不断适应中的系统，难以用固定的状态变量表示，也就是说它在不断地改变自己以便适应环境，而这又表现为它的某种identity，即它改变自己是为了保持自己某种“本质“的不变，该如何描述这种本质，或说其identity，从而描述复杂系统？ 传说中的autopoieses吗?
3,复杂性的层次，一个社会与一个人，哪个更”复杂“呢？一个生物与其环境呢？可以这样比较吗？ 
4,复杂的梯度，在进化中，并非所有物种变得更复杂，而是形成了一个从简单到复杂的梯度，它是否服从某种分布？ 其形成的机理又是什么？
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　　Panarchy扰沌
1.引言
谁都知道任何一样活的东西都的寿命是有限的，一个人从出生、长大、慢慢衰老、最后死去；神龟虽寿，犹有竟时。除此之外的其它发杂系统也有类似现象，如一个王朝也经历从建立、兴盛、腐朽、衰亡这些过程；一个生态系统从先锋种进入，然后其它物种定居并改造非生物环境，逐渐达到一种复杂的结果，最后可能毁于一场大火。不过，这些都只是故事的一个部分，瓦解后的系统还会经历新生，似乎又开始了一个新的轮回，但却又不完全相同。这些现象是如此的普遍，不禁使人猜想其中是否有一条复杂系统演化的重要理论呢？
帝国的历程（TheCourse of Empire）。19世纪美国画家 ThomasCole 的5幅画组成的系列，存放于New-YorkHistorical Society。
 
 
1）野蛮时代
 
 
2）田园牧歌
 
 
3）帝国
 
 
4）毁灭
 
 
5）荒芜
 
2.理论简介
2.1源来
维基百科：
Panarchy is a conceptual term first coined by the Belgian botanist and economist Paul Emile de Puydt in 1860, referring to a specific form of governance (-archy) that would encompass (pan-) all others.In the twentieth century the term was re-coined separately by scholars in international relations to describe the notion of global governance and then by system...

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